为诉讼或非讼案件办理公证是制胜的必备要件，尤其是在保护网络著作权时，对一些能够产生巨大收益的作品进行公证保全就显得尤为必要，如果事先制作了公证，足可令人进可攻退可守，确保一旦发生纠纷能够胜诉。但是在实践中，办理公证时因疏忽或经验不足而犯下了一些错误，进而导致案件败诉或错过举证期限的事例也不在少数，在办理公证时有些操作上的细节必须注意，否则一招不慎，满盘皆输。
尽可能不在公证处之外的地点办理网页公证保全
在公证处进行公证，所使用的是公证处的计算机，计算机在进行公证之前不为公证申请人所控制，因此无法预先在计算机中进行技术处理，而如果在申请人的处所的计算机上取证，则容易被质疑。
因为在不为公证员所控制的计算机上，可以人为地通过技术手段修改计算机设置，比如对计算机“host”文件的修改，可使特定域名与特定IP地址进行联系，导致公证员使用浏览器访问拟取证的网站时，计算机去访问公司内部的某台计算机，如果在该内部计算机上预存有加入侵权内容的页面，就无法确保公证的客观性。
详细记录上网方式和具体操作过程
公证过程中要注意清楚记载上网的方式和具体过程，应当对上网的联接设备、ISP服务商及所拨号码、联接过程进行记录；采用宽带接入方式接入互联网的，应对上网设备或联接状态进行核实的描述，否则很有可能遭到对方律师的质疑。
不可疏忽准确记录公证的时间
我国法律规定，一般情况下作品首次对外公布属于发表，而在作品上署名的人视为作者。因此，在第二次发布的作品上署名的人，极有可能被认定为侵权人。法律之所以如此规定，道理很简单，在网络数字化时代，手稿已不复存在，要证明创作在先非常困难，通常会依据发表在先推定创作在先，因此作品发布的时间至关重要。
作品权属状态固然可以通过登记来证明，但登记仅仅是一个初步证据。而在网络、软件著作权纠纷案件中，有相当大一部分要通过公证证明自己的作品发表在先。一种方式是由公证员在公证书证词中予以记录；另一种是在取证过程中直接将时间打印在网页页面上。
建议请计算机专业人员在公证员监督下进行操作
在进行公证时，很多单位只是派出办公室文员或者法务人员来操作，遇到操作问题总是要询问公证员怎么做，而公证员往往并不是很清楚哪些证据细节是权利人所需要的，在计算机专业技术上也并不是专业人士，容易造成所取得证据不具有完全可用性。另外，还有一些非网页公证，由于网络知识产权公证时常会涉及计算机代码、程序的保全，非技术人员无法准确把握保全的范围和内容，同时在遇到技术故障时无法准确及时地获取需要的证据，因此聘请专业技术人员在公证员监督下操作计算机可以避免保全证据的准确和及时。
从保全网页所在网站的首页开始采集证据
目前在我国发生的与网络有关的纠纷中，网络著作权侵权纠纷的案例占了相当大的部分。而在网络著作权侵权纠纷中，上载公开诉争作品是非常重要的行为，谁在先上载发表，谁在后上载侵权，均是诉讼双方争辩的事实焦点。有些网页上虽然上传刊载了诉争作品，但由于尚未对外设置链接，普通网民很难浏览到这些页面的内容。而如果通过该网站首页的链接进入刊载了诉争作品的网页，并将进入该页面的步骤逐步记录，即可明晰地证明被公证页面已经公开，可以被网民访问。
同步保存被公证页面的电子文档，以便查看代码
在网络著作权纠纷中，保存侵权页面的电子文档是非常重要的。接触过网络的人士都知道，互联网页面实际是由大量的HTML代码编写而成的，而且看似相同的页面，却极有可能是由不同的代码编写而成的，而这些代码就是保存在页面的电子文档中。比如对图案作品的侵权判断，不能仅仅看页面图案、颜色或布局是否相似或相同，而是应当以计算机软件的侵权标准来认定，即应当以网络页面的代码是否相同或相似作为认定侵权的依据。因此，对公证页面的电子文档的保存就显得由为重要。